アコギを弾いていたころ、アコギの弦高は、強くストラムしたときのビビリが許容できる範囲で極力低くしたいと思ってました。
ジャズのリズムギターみたいに音量を稼ぐために弦高は極力高くする、という考え方もあるようですが、やはり低い方が弾きやすいと思います。

最近エレキギターを弾くようになって思ったのが、エレキの弦高は低ければいいってもんじゃないなということ。
エレキって、ミュートがとても大事ですが、ちょっとさわっただけで押弦できてしまうほど弦高が低いと、ミュートもかなり気を遣わないといけなかったりするんですよね。エレキはアコギよりも弦のテンションが低いせいもありますが。
私みたいに弾き語り用途だと、演奏中にギターだけに集中することが出来ないので、多少ずぼらに弾いてもあまり問題がでないことが望ましいです。なので、超絶速弾きに最適化したような低い弦高のセッティングよりは、多少高い弦高の方がいいんじゃないのかな、と最近思うようになりました。
もう少し上達したら、また考え方が変わるかもしれないけど。

なお、弦高による音色の変化は気にしません（今のところ）。

ギター初心者がF（一般化するとバレーコード）を押さえられなくて挫折した、というのはよく聞く話です。

最初のうちは下手なのは、別にギター（あるいは楽器練習）に限った話ではないですよね。
でも、「出来なくて挫折」というのはそんなによくある話でもないんじゃないでしょうか。もちろん飽きてやめた、みたいな話はいくらでもあるでしょうが。

Fで挫折する理由の一部は、「出来ない」感じの質にあると思います。
個人差もあるでしょうが、私が最初にやったときは「こんなのできるわけないじゃん！」という感じでした。
バレーする人差し指を少しひねって側面に近いところで押さえるとか、他の指が押さえていない弦に意識を集中させるとか、コツといわれる事柄にいくら注意しても全部の弦がきれいに鳴らない。
「練習したらそのうち出来るようになる」という気がしない、というのが挫折につながるんじゃないかと思います。

まあ、私の場合Fの壁はなんとか乗り越えたんですが。

いま、ジャズのリズムギター（三和音の四つ切り）を練習しているんですが、鳴らす弦は3本だけで、残りの3本はミュートしなくてはなりません。
これがうまくいかない。特に、練習しているやつは、ミュートを確実にするようにということで、拍裏も全部の弦をミュートして弾くやり方なんですが、これが難しい。特にコードチェンジの直前は、指を押さえ換えつつミュートは切らさず、という感じで、なかなかうまくいきません。
が。2週間くらい続けていたら、なんとなく出来るようになってきました。もちろんミュートも完璧ではないし音の長さもまだまだばらついていますが、練習し始めた頃の「絶対無理！」な感覚はだいぶ薄れてきて、「このまま続ければなんとかなるかも」という感覚になってきています。

ということで、楽器で新しいことを始める際には、「こんなの無理！」と思っても、一定期間は淡々と毎日続けてみるべきだと自分に言い聞かせています。。
･･･とはいいながら、「こんなの無理！」な感覚を抱えながら練習を続けるのって結構しんどいんですよね。実は三和音の四つ切りだって、今回が初挑戦じゃなくて、何度もちょっと手をつけては放り出す、ということを繰り返してきたあげく、ようやく今回少しだけ希望が見えてきた、という感じなわけで。
つらくてたのしい楽器道。