アコギを弾いていたころ、アコギの弦高は、強くストラムしたときのビビリが許容できる範囲で極力低くしたいと思ってました。
ジャズのリズムギターみたいに音量を稼ぐために弦高は極力高くする、という考え方もあるようですが、やはり低い方が弾きやすいと思います。

最近エレキギターを弾くようになって思ったのが、エレキの弦高は低ければいいってもんじゃないなということ。
エレキって、ミュートがとても大事ですが、ちょっとさわっただけで押弦できてしまうほど弦高が低いと、ミュートもかなり気を遣わないといけなかったりするんですよね。エレキはアコギよりも弦のテンションが低いせいもありますが。
私みたいに弾き語り用途だと、演奏中にギターだけに集中することが出来ないので、多少ずぼらに弾いてもあまり問題がでないことが望ましいです。なので、超絶速弾きに最適化したような低い弦高のセッティングよりは、多少高い弦高の方がいいんじゃないのかな、と最近思うようになりました。
もう少し上達したら、また考え方が変わるかもしれないけど。

なお、弦高による音色の変化は気にしません（今のところ）。